Вариантов несколько:
1) Руками в консоли: подробнее, как я уже говорил, смотри man javac
. Для запуска смотрим man java
2) Ставим любую толковую IDE (самые толковые - это Eclipse и NetBeans). Для начала рекомендую поставить из репозитария.
По поводу литературы... Начать можешь с книги "Философия Java" товарища Брюса Эккеля... Кстати в этой книге подробно рассказано, как компилировать, запускать java приложения в консоли. Единственное к чему готовься - автор очень любит поразмышлять (получается "многабукв")