изучаешь файл \Documents and Settings\<user name>\Application Data\uTorrent\resume.dat
из него видно, что путь закачки торента обозначается :pathXX:<путь>: где ХХ - длина пути в байтах (причем англ. буквы занимают 1 байт, а русские - 2). Сам путь находится между двумя ":"
дальше видно, что название торент-файла (у меня по крайней мере) всегда заканчивается на "torrentd8", а начинается от ближайшего ":" раньше "torrentd8". Опять-таки русские буквы - 2 байта, английские - 1 байт.
Потом изучаешь файл конфигурации делюги, я сейчас посмотреть не могу, на работе маздай стоит.
Или, если скушна - выдираешь все пути закачек из resume.dat, копируешь эти закачки в одно место, допустим в папку ~/home/Downloads. Делюге говоришь, чтобы она автоматически подхватывала торенты из папки ~/home/torrents и размещала закачки в ~/home/Downloads. Потом копируешь все торент-файлы в папку ~/home/torrents и ждешь пока оно все подхватит и прохеширует. Ну и начинаешь потихоньку расфасовывать куда надо...
Соответственно все выдирание и копирование надо автоматизировать какими-то утилитами/скриптами