В основном настройки сети меняют программы, предназначенные специально для настройки сети. Настройки сети пишутся в конфигурационные файлы. Например, в /etc/network/interfaces содержатся настройки сетевых интерфейсов, настройки их автоматического подключения при загрузке системы. Это основной файл для настройки сети. В /etc/resolv.conf содержатся адреса dns-серверов. В /etc/ppp содержатся настройки point-to-point protocol и его разновидностей, например pppoe.
Особо стоит отметить настройки проги NetworkManager. Его настройки хранятся отдельно, в /etc/NetworkManager/. При старте системы NetworkManager, если у него есть автоматически подключаемые соединения, пробует подключить их и поменять системные настройки, например переписать /etc/resolv.conf. Проблема в том, что в Ubuntu 9.04 NetworkManager всё ещё очень глюковат. И часто настроенные им соединения не только не работают, но и мешают нормально настроить соединения через конфиг-файлы или другими утилитами. При этом через графический интерфейс NetworkManager может показывать, что соединений нет, а на самом деле они могут быть.
Для сброса всех настроек сети в настройки по умолчанию, я думаю, есть два варианта. Первый - после установки системы бэкапишь куда-нибудь все файлы и папки из /etc/network, /etc/ppp, /etc/NetworkManager, а также /etc/resolv.conf. Возможно, ещё какие-нибудь файлы нужны. Когда надо сбросить настройки - снова бэкапишь на всякий случай эти файлы, а потом заменяешь теми, которые сохранил после установки системы.
Второй вариант - читаешь кучу мануалов, разбираешься, какой файл для чего нужен и какая опция за что отвечает. И когда надо сбросить настройки - открываешь конфигурационные файлы и переписываешь всё так, как нужно.