1. Заходите сюда /home/<имя_пользователя>/.gnome2/nautilus-scripts
2.Создаете там текстовый файл, обзываете его как хотите (лучше не матом), у меня это sudo. И вставляете туда такой кусок:
#!/bin/sh
# root-nautilus-here
# opens a root-enabled instance of a nautilus window in selected location
# requires sudo priviledges and gksudo, which may involve security risks.
#Install in your ~/Nautilus/scripts directory.
#
# Placed in the public domain by Shane T. Mueller 2001
# Fixes provided by Doug Nordwall
#
# 2004.04.18 -- keith@penguingurus.com - Added gksudo usage to provide popup
# password window if sudo has expired. Line only echos got
# root to std output. But gksudo updates your sudo access
# privs, so running nautilus with sudo will succeed
# without asking for a password.
foo=`gksudo -u root -k -m "enter your password for nautilus root access" /bin/echo "got r00t?"`
sudo nautilus --no-desktop $NAUTILUS_SCRIPT_CURRENT_URI
3.Сохраняем, даем ему права на исполнение. (правый клик по файлу-свойства-права).
4.Далее закрываем все открытые окна наутилусов и открываем снова. Заходим в интересующую вас папку, жмем правую кнопку мыши, выбираем "сценарии" и выбираем свое судо. Вводим пароль и наутилус откроет новое окошко, но с правами рута. Теперь можно, но осторожно изменять файлы, удалять, копировать, вставлять...