они и не должны оттуда вычищаться это же папка кэша, хотите почистить папку:
sudo apt-get clean
при обновлении все будет качаться туда же.
если хотите поменять права посмотрите в сторону
sudo chmod XXX /var/cache/apt/archives/
где XXX численное значение прав, гугл в помощь
всетаки не стоит менять права именно на эту папку, как-то не секьюрно на системную, пропишите лучше ещё одну папку кэша апту