Речь идет не об изменении прав (для этого NTFS или подобная система нужна, а у меня Fat32), а об изменении атрибутов файла (рид-онли, скрытый и .т.д.) на некорректные, винда сама удалить такой файл не может и вирусы тоже.
Попробую, напишу панде, но я думаю этот вопрос больше касается именно Ubuntu. Что конкретно происходит при подключении съемного диска?