Столкнулся по работе с такой проблемой. Все наши офисы во всех городах связываются через Скайп.
Я сижу тоже на связи, но сами понимаете бывают случаи когда надо отойти - не могу же я постоянно сидеть в наушниках у монитора в ожидании звонка. В винде это проблема решалась по средством SAM или KishKish, это уж кому как нравится. Гуглил на тему аналога этой программы для Ubuntu 9.10 - нашел
вот это - воевал, воевал - что-то не хочет работать.
Следующим шагом решил попробовать поставить Скайп и SAM на виртуальную машину - Работать-то работает. Но что-то со звуком. Я все прекрасно слышу, и музыку и фильмы, и звонки. А вот с моей стороны только хрип и стоны. В общем звуковой файл который должен проигрываться когда меня нет превращается в нечто ужасно и второй раз звонить просто страшно.
Гуглил на тему аудио настроек, а так же перепробовал все возможные варианты аудио настройки самого Linux - ничего не помогло.
Настроек аудио VirtualBox не много - перепробовал все, либо звук вообще пропадает, либо выдается отличный (на Пульсе вообще прекрасный), но микрофон не хотит работать как надо

В Linuxе тоже перепробовал все варианты - соответственно звук либо отличны и микрофон в скайпе работает, либо звук хороший - микрофона нет, либо нет ни того не другого.

Что присоветуете?