Для стого нам понадобится программа Alltray.
Идём на
http://alltray.sourceforge.net/downloads.html, находим там пакет для Ubuntu, скачиваем. На текущий момент доступна версия 0.60. Делаем sudo dpkg -i alltray.ubuntu_0.60-1_i386.deb. В меню Applications -> Accessories у нас теперь живёт AllTray, добавляем её на панель для удобства. Всё, что осталось сделать, это щёлкнуть на иконке, а затем на окне, которое вы хотит свернуть в трей.
Работает с Gnome, KDE, XFCE 4, Fluxbox и WindowMaker.
Можно автоматизировать этот процесс, отредактировав в свойствах иконки приложения, которое вы хотите сворачивать пункт Command: вместо имени команды (например, gcalctool) пишем alltray имс_команды (например, alltray gcalctool).