Итак, рассказываю, как я сделал у себя =)
Во-первых, необходимо назначить пароль руту (как это сделать - вроде уже рассказали)
Далее, лезем в файл /etc/sudoers и в строчку Defaults добавляем (через запятую) ключевое слово rootpw
У меня что-то такое написано:
Defaults !lecture,tty_tickets,!fqdn,rootpw
Теперь при запуске команды sudo (а тако-же всяких gksudo) всегда будет спрашиваться рутовый пароль, а не пароль пользователя. Весьма удобно, когда несколько пользователей под одним юзером (ну в самом деле, не заводить же нового юзера для родственников

P.S. Если тока для графических приложений надо, то смотри сюда:
https://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=39307.msg283297#msg283297