Лучше использовать не apt, а aptitude. Если запускать без параметров, то будет консольный "графический" интерфейс через ncurses.
Я на прошлом месте работы запускал графический synaptic с сервера.
У меня на локальной винде был поднят X-сервер из cygwin-а, там я прописал xhost +10.1.1.1 (адрес сервера с убунтой), а на сервере с убунтой в profile добавил export DISPLAY=10.1.1.2:0.0 (10.1.1.2 - адрес моей локальной винды)