Что-то у меня, сомнения, там в некоторых файлах может похоже сожержаться конфиденциальная информация, про сетевые подключения например, может достаточно какую-нибудь конкретную папку взять или удалить и в той и другой что-нибудь, что врядли имеет отношение к проблеме, но как бы...?
В папке gnome2, например, есть папка keyrings в которой лежит документ, который в gedit просто так не открывается, и поэтому по видимому получившийся патч не открывается тоже.