Как с анонимами дело обстоит не знаю, возможно нет разрешения на каталог для пользователя proftp, советую посмотреть в логе, а по поводу обычных пользователей, они и должны входить в свой домашний каталог, для этого он и предназначен, другое дело что можно использовать виртуальных пользователей через AuthUserFile, им же назначить виртуальных хост - директива VirtualHost и chroot окружение через опцию DefaultRoot /ваш_каталог/
у меня вот так например:
<VirtualHost 10.10.1.1>
AuthUserFile /etc/proftpd/ftpd.passwd
DefaultRoot /opt/ftproot/
<Directory /services/ftpbackup>
<Limit All>
DenyAll
</Limit>
<Limit CDUP CWD XCWD XCUP>
AllowUser ftbbackup
</Limit>
<Limit STOR STOU>
AllowUser ftbbackup
</Limit>
</Directory>
</VirtualHost>
но есть один момент, у меня разрешение на каталоги работает, если дать возможность в файловой системе всем на чтение запись, либо в системе создать пользователя с аналагичным uid и дать ему права на чтение запись выполнение или просто на чтение, зависит от того, что требуется