Тут есть ещё такая закавыка: нужно будет сделать так, чтобы учётные записи пользователя в обеих системах имели один и тот же uid. ЕМНИП, от дистрибутива к дистрибутиву диапазон номеров, из которого присваиваются идентификаторы, может меняться (как пример Fedora vs Ubuntu, где uid первого пользователя есть, по крайней мере был раньше, 500 и 1000, соответственно).