pdns прекрасно работает, а bind9, пока не разберешься с настройкой pdns, тебе противопоказан:)
См. настройки /etc/pdnsd.conf , там все написано в комментариях
Из твоего описания я ничего не понял
Какой адрес указан в /etc/pdnsd.conf
Зачем там указан порт?
Какой адрес dns-сервера указан на другом компьютере?
Дай вывод команды с сервера и другого компьютера
$nslookup ya.ru |grep -i server
или
$dig ya.ru |grep -i server