возможно какой-то процесс кушает много памяти
бывают такие баги (например, недавно в kde 4.3 такое было, иксы начинали кушать все больше о больше через пару часов работы, приходилось перелогиниваться, в 4.3.1 поправили)
у меня еще в wine 1.1.29 проблема была, после завершения приложения, оно оставалось в процессе, приходилось убивать вручную
в 1.1.30 все нормально
так что причина скорее всего в этом