Не нужно забывать, что поставив антивирус на сервер, остальные компы (которые с Windows) могут заразится через диски, флешки, запоминающие устройства, выход в интернет с мобильных устройств и т.д.
Поэтому лучше настроить файрвол на Linux (если нет вайна, то этого достаточно), а на Windows машины поставить касперского или авиру (авира меньше грузит комп, быстрее ищет).