Cкачал jre-6u17-linux-x64.bin, положил в папку /home/username/work, запустил, установил. Установилось в папку /home/username/work/jre1.6.0_17.
Теперь вопрос: то что оно установилось прямо в папку из которой запускалось это нормально, или .bin файлы так косо делают что их надо запускать оттуда куда хочешь установить?