Если в том клиенте, в который надо перенести, есть функция импорта, скорми ему почтовые папки, они ведь в формате mbox, а это вроде как стандарт. Или я не прав?
Плюс, Thunderbird вроде может сохранять папки в разных форматах, так что можно скормить ему, а потом через него конвертнуть в еще что-нибудь. Хотя я не уверен, давно громоптицу не юзал.