MS Server и C#, и, четно говоря не понимаю - какие лучшие аналоги этго дела для Linux
Apache (если Вы имеете ввиду веб-сервер), это уже стандарт. Если нечто другое, то уточните, о чем речь.
C# (моно).
Самая простая база Sqlite (хранится как файл), но перспективнее mysql.
Для прослойки между БД и веб-сервером (скрипты, выполняемые на веб-сервере) можно использовать и моно, но рекомендуется php (он у Вас не вызовет затруднений, если Вы знаете C#). Это стало фактическим стандартом в мире вебостроения.