Если в-общем(точнее по вашим логам не скажу), то проблема известная - после обновления работать перестаёт.
Поэтому надо либо ставить свежую систему(сохраняя home), либо сидеть на LTS.
А поконкретнее - были проблемы с файлами ядра и, особенно, initrd... которые не писались на своё место на жёстком, а оставались на LiveCD root fs, исчезая в никуда при перезагрузке(разумеется). Но это уже больше мои домыслы. Вы ведь не с LiveCD обновление запускали?
Только в корне лежат ссылки на эти файлы, а дальше...
И да, с LILO это привносит свои особенности.