Почти точно такая же проблема и у меня, отличие в том, что после апдейта моей версии 9.04 x86 сломалась GUI авторизация. Не получается ни одну системную ГУЁвину запустить, т.к. не принимает ВЕРНЫЙ пароль. При этом GDM и sudo в терминале работают нормально и пароль опознают как положено, а в /var/auth.log вот что:
Dec 17 15:12:04 bluebird2009 polkit-grant-helper-pam[4227]: pam_sm_authenticate: Called
Dec 17 15:12:04 bluebird2009 polkit-grant-helper-pam[4227]: pam_sm_authenticate: username = [bluebird]
Dec 17 15:12:04 bluebird2009 polkit-grant-helper-pam[4227]: Warning: Using default salt value (undefined in ~/.ecryptfsrc)
Dec 17 15:12:05 bluebird2009 polkit-grant-helper-pam[4229]: Error attempting to open [/home/bluebird/.ecryptfs/wrapped-passphrase] for reading
Dec 17 15:12:05 bluebird2009 polkit-grant-helper-pam[4229]: Error attempting to unwrap passphrase from file [/home/bluebird/.ecryptfs/wrapped-passphrase]; rc = [-5]
Dec 17 15:12:05 bluebird2009 polkit-grant-helper-pam[4229]: Error adding passphrase key token to user session keyring; rc = [-5]
Решение не нашёл пока что... Отпишусь, если найду
Решения не нашёл, пришлось переустановить систему

Этот БАГ висит в Ланчпаде с апреля месяца, вот ссылка -
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/policykit-gnome/+bug/368485