Если запускать графические приложения просто sudo имя команды или через sudo -s, то запускаются -- с правами root-a, но с настройками пользователя (только внешний вид немного отличается почему-то). Предположу, что так происходит из-за того, что переменная HOME сохраняет свое значение как для пользователя.
Если kdesudo имя команды -- то запускается, причем тут видимо полностью от root-а.
Про sudo -s -- спасибо, буду пожалуй использовать вместо прежнего sudo -i.
И все-таки странно, что из-под sudo -i не запускаются... Ну да ладно, не критично.