Если на века, то лучше ставить LTS версию которая выйдет в апреле (10.04)
А если на пару лет, то и обычная версия сойдет.
Правильнее только с опытом, основа, конечно, файловая система и её разбивка, а программы... тут проблем не будет, ставьте удаляйте экспериментируйте... Linux стабильная система. Имхо, количество программ никак не влияют на производительность системы.
Из себя её могут вывести только лишь кривые руки.