Я сам частично решил проблему. Просто раньше, я переключал с режима Экстра сразу в режим Без эффектов. И при перезагрузки у меня опять включался Экстра, теперь же я попробовал переключиться на Обычный режим и при перезагрузке теперь включается он. Если же тепрь ставить режим Без эффектов, то возвращается в режим Обычный. Но на обычном режиме проблем с зависаниями не было, поэтому оставил пока так. В автозагрузке сейчас compize --replace'a нету. Но я смотрю через Меню\Система\Параметры\Запускаемые приложения. Может ещё где надо смотреть?