Все скрытые папки, относящиеся к программам, которых нет, можно спокойно удалить.
Теоретически, можно удалить вообще все (при запуске программа создаст все что ей нужно заново), но при этом потеряются все настройки.
Кроме того, некоторые программы хранят в таких папках и пользовательские данные. (например wine ставит туда все windows-программы)
ИМХО лучший вариант -- удалить то, что вы точно не используете, а остальное перенести в другой каталог и восстанавливать обратно по мере необходимости.