Кажется есть какое-никакое решение: ставил систему на другую машину с нуля. Скопировал на неё iso сделанный на своей машине, запустил APTon, он благополучно все пакеты закинул в var/cache/apt/archives потом запустил "языка системы" - всё обновилось, то же произошло и с дровами на видео (через драйверы устройств) и с другими пакетами обновлений, посля каждой манипуляции - перезагрузка. Проги через менагера пакетов тоже встали. Не мытьём, так катаньем...
зы: система Linux Mint 9, но это кажется не существенно, поскольку это та же бUbuntu, только допиленная слегка.