xorg.conf уже давно не используется - потому и нет эффекта.
Как избавиться от кракозябр в gedit:
1. Нажимаешь Alt+F2
2. В появившемся окне пишешь gconf-editor и нажимаешь Enter
3. В появившемся окне, в панели слева открываешь /apps/gedit-2/preferences/encodings/auto_detected
4. В панели справа делаешь двойной клик по пункту auto_detected
5. В появившемся окне кликаешь по пункту WINDOWS-1251 и с помощью кнопки "Вверх" перемещаешь его на второе место после UTF-8
Теперь кракозябр быть не должно.