Известный и очень старый баг.
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gvfs/+bug/19248По ходу никаких решений нет, и судя по темпам - не предвидится. Особенно не хорошо, что при создании папок они добавляются с правами 777, не есть гуд.
Если очень хочется использовать Nautilus для редактирования своего сайта, то надо пользоваться sftp, там права можно править, но для его использования ваш сервер должен быть доступен по ssh.
Ctrl+L
sftp://user@serrver.com
или через меню
Файл > Соединиться с сервером...
в принципе очень удобно, можно сделать ярлык или кнопку запуска, сохранить пароль в системе, можно даже автоматически монтировать удаленный сервер при старте системы.