Если не хочешь помойки - надо настроить для каждого хоста.
У меня новый проект всегда начинается стандартно:
mkdir /var/www/projectname
cd /var/www/projectname
mkdir --parent data inc lib log tmp/session www
data - код проекта
inc - мои инструменты (отладка, дополнительные плагины для библиотек)
lib - библиотека (PEAR, Smarty и так далее)
tmp - понятно.
tmp/sessions - отдельный каталог для сессий, чтобы не путались под ногами.
www - картинки, скрипты, CSS - в общем, всё, что должно быть доступно через веб. Плюс сиротливый index.php, зачастую не содержащий вообще ни одной строки кода.