Советовать, конечно же, проще всего. Зайдите в каталог, где половина файлов видна, а половина нет, и попробуйте что-то типа
ls -al
Если они не появятся (а вы будете уверены, что они там), то, остается только позавидовать вашей уверенности.
Если файлы стоят того, то можно попробовать подключить этот диск к Винде. Если диск внешний, то это не проблема. Если внутренний, то можно его вынуть и подключить через внешний бокс. Тогда Windows подхватит свои разделы, и будет видно, есть там файлы, или же, все-таки, их уже нет
Если же они все-таки там есть, то, думаю, есть два способа:
1. Ждать, пока ответит гуру с какой-нибудь строчкой, типа:
ёклмн -прст
и все прояснится, или
2. Банально скопировать эти файлы на другой внешний диск.
Если же и после пункта 2 все будет по-прежнему, то, думаю, проблема, все же, с кодировкой. Можно попробовать переименовать хотя бы несколько проблемных в латинские.
ЗЫ. Кстати, а не видно только часть русских или без разницы? Если без разницы, то, возможно, проблемы с диском. Можно из Винды запустить проверку.
ЗЫ.ЗЫ
И ещё можно посмотреть размер всех доступных файлов и сравнить с занятым местом на диске...
Думал об этом. Но, если Линукс их не видит, то, боюсь, он и размер их не учытывает. Т.е. общий размер будет равен сумме видимых файлов (это мое предположение).