У меня есть диск USB-HDD, на нем 1 основной раздел ext4 (30Гб). И 2 основной раздел NTFS (200Гб). Никаких проблем не возникалони с Linux, ни с XP, ни с 7.
Что касается кол-ва основных разделов. У меня например такое деление на основном диске:
1 основной раздел FAT (XP размещает свои загрузочный файлы только на первойм разделе - идиотизм)
2 основной раздел расширенный, где есть логические разделы с Linuxами, Виндой и свапом.
3 и 4 основные разделы, данные в ext3
Все работает без проблем и в Ubuntu и в WinXP, к тому же в Винде подключаю 3 и 4 разделы с данными - все видит.
Так что все нормально с основными разделами в Винде.
Как я понял автора, то Windows не видит целый диск. Думаю, проблема зарыта в том, что диск очень большой (1Тб) и возникают проблемы с определением в BIOS. Попробуйте поискать решение проблем с дисками 1Тб.