Вот нагуглил:
1. В ext4 добавлена поддержка дефрагментации «на лету», увеличивающая общую производительность.
2. программа - e4defrag. Она дефрагментирует подключенные тома ext4. Это может увеличить производительность, особенно если раздел заполнен почти полностью. Также эта программа способна конвертировать выделения, использовавшиеся в ext2/3, в выделения ext4 на основе экстентов, таким образом увеличивая производительность томов, ранее использовавших файловую систему ext3. К сожалению, e4defrag пока не входит в состав пакета e2fsprogs, поэтому вам придется искать ее отдельно вы можете использовать (на свой страх и риск) программу e4defrag
А вообще проблема надумана у меня нет проблемы с дефрагментацией. У меня корневая система 0.1 процент(7 гб) дефрагментации, а HOME 1 процент (80 гб) дефрагментации. Постоянно включен торрент. ЧЯДНТ ?