amixer set 'Clock Internal Rate',0 44100
вот
Я вставлял в Система - Параметры - Сеансы, можно наверно ж и в скрипте гденить
Делается потому что альсамиксер по умолчанию ставит 48000, вот что бы ручками не менять каждый раз...
так-так-так... что-то я не совсем понял. Вернее - совсем не понял

1) 0404 USB (при использовании стандартного usb_audio драйвера) работает с частотой 48khz
2) в убунте 8.10 по-умолчанию частота дискретизации в alsa -- 44.1
насколько я понял -- карта отказывается внутри себя что-либо передискретизировать с этими дровами, поэтому, если ничего не трогать, то будут слышны щелчки и хрип при проигрывании звука
Решения два:
1) поменять частоту дискретизации на карте (с текущими дровами это сделать невозможно. Единственный вариант -- подключить карту к компу с виндой, поменять частоту там, и, не выключая карту - воткнуть её в линукс. Но после включения\выключения карты частота вновь сбросится на 48khz)
2) поменять частоту дискретизации на компе
в виду того, что первый вариант крайне неудобный -- я выбрал для себя вариант номер два.
В вашем случае мне непонятно два момента:
почему в alsa по умолчанию 48khz (это просто в версии 18 поменяли дефолтную частоту?) и второе -- как так получается, что карта у вас работает на 48, а комп на 44.1 и не слышно хрипа?