Что касается русских док, то, кажется, да, только А.Б. Шипунов постался.
http://herba.msu.ru/shipunov/software/r/r-en.htmСкрипты пишутся в любом текстовом редакторе, дальше либо в R выполняем
source("путь к скрипту")
, либо в командной строке пишем
R < script.R
или
R CMD BATCH [options] infile [outfile]
Есть еще littler.
Если под виндой, можно использовать RDCom.
Что касается циклов и управления, то в R очень развитый С-подобный объектно-ориентированный язык. Там тоже есть и if, и for, и while.
Биндинги к тиклю вызываются прямо из R, там есть GUI-шные функции, типа рисования окон, списков и менюшек.
help.search("tcl")
покажет, что по этому поводу есть.
rcmdr (R Commander) на них написан.
Он, кстати, поможет быстрее побороть среду.

rkward - аналогичного свойства, но на QT.
RGTk2 будет работать под виндой. Сам ставил и пользовался rattle, который на нем написан.
Также можно пользоваться как помощником-надстройкой над командной строкой.
Другие GUI, в основном, для интерактивной работы:
http://sciviews.org/_rgui/Я, когда работал на R под виндой, остановился на Tinn-R. Это текстовый редактор, понимающий синтаксис R и позволяющий простым кликом мышкой отправлять команды в R прямо из редактора.
Биндинги из R к GTK или QT работают точно так же, как и для tcl, и любые другие. Функцией dyn.load в R подгружается динамическая библиотека, дальше можно вызывать ее функции. Либо функцией library в R загружается модуль, включающий в себя вызов dyn.load и определение R-функций для удобной обвязки функций из библиотеки.
В вложении - моя коллекция ссылок на материалы по R. От сердца, можно сказать, отрываю.

Да, а для системной логики и реакций на события я бы порекомендовал не TCL, а Python.
Есть вот такая штука:
http://rpy.sourceforge.net/ Правда, я лично ни разу не пользовался.