Пользуюсь Гитарным тюнером из MuzLand.ru. Через wine. Причина - наличие генератора тонов, мне с помощью него удобнее настраивать, чем с помощью микрофона. Под линь вменяемого аналога не нашел, обычно предлагается что-то типа генератора частот, куда частоты нужно ручками вбивать.
Если аналог все-таки есть, буду рад его попробовать.
Про speaker-test -f 440 -t sine -l 0 в курсе. (Ну и аналоги, наверное, есть)