В общем это проблема "заложенная" изначально (собственный косяк- не пользовался раньше хостингами, работал только с живыми серверами), первые конфиги мускула были в CP 1251. Таблицы создавались в utf. Теперь видимо через кучу преобразований идет неправильная выгрузка, копаю мускул в консоли в попытках привести таблицы и базу в норму, к единной так сказать кодировке. Преобразование БД из консоли отображает результат выполнения и базу выдает уже как utf8, при этом в ПХП админке и при выгрузке все равно часть таблиц в cp1251 или изначально крякозябренно. Думаю, что это уже песня для другой темы и не зависящая от Ubuntu.
Спасибо за помощь, хотя бы нашел куда, что и где копать.