Если бинарная верси с офсайта (я такие в /opt помещаю (и делаю симлинк исполняемого файла (который запускает Лиса) в /usr/bin)), то, банально, делитишь (коли необходимо под рутом) старую версию, и ставишь новую.
Если из репа, то пакетный менеджер сам все сделает (как только появится новая версия).
Если ты про пользоватльские настрйки, "профиль" (скажем хочешь удалить старый профиль, и создать новый), то они в домашней директории в папке .mozilla.