Была похожая проблема, поставил ubuntu (5 разделов) рядом с виндой (диски С и D). Gparted не видела разделы на диске, хотя всё работало. Проблема решилась после того как из под винды акронисом сменил типа для диска D с "первичного" на "логический". Видимо структура расположения разделов была ошибочной/сложной для Gparted...