Немного матчасти. В линуксе исполняемым может быть любой файл от txt до какого-нить скрипта или приложения. exe для линукса обычный файл, если помечен как исполняемый. то попробует запустить но без вайна не будет знать чё сним делать и чё этот файл хочет от линукса. Но чтобы запускать экзешники виндовые надо
1) установить вайн
2)Проассоциировать exe файлы с вайном (пкм по экзешнику любому и там выбираем в свойтсвах вкладку открывать в программе), где выбираем wine (повторять после этого не надо, тк применится для всех)
3) если после этого не запустится проверить на всякий случай галочку на вкладке права, в свойствах (позволять выполнение файла как программы).
Если вы пытаетесь запустить уже устаноовленные программы с Windowsкой части диска(что похоже тк папка лежит в папке media куда подмонтируются неродные для линукса хранилища (флешки компакт диски и прочее)), то вряд ли получится даже с вайном, тк вайн там подменяет адреса своими(да и адрессация в линуксе друга, вернее подход к ней). Поэтому лучше либо установить версию для линукса если она есть. Либо сразу усттановить под линуксом через вайн, тогда проблем с адресами не будет.
Ps команда sudo apt-get install eclipse докачивает необходимые пакеты и саму программу(её линусовский вариант) для eclipse после этого автоматически будет в одном из разделов в меню приложения.