А комп полностью выключаешь или перегружаешь только?
Помнится обнаружил как-то, казалось бы несуществующую связь в работе железа при перезагрузке компа в другую систему.
Дело было так: на ноуте есть Вай-Фай плата, которую можно выключить кнопкой. При включении компа, плата по умолчанию включена. Но если я загружаюсь в Ubuntu, выключаю кнопку, а потом гружусь в Винду, то плата выключена.
Видимо, при перезагрузке, питание устройств не отключается и какие-то настройки сохраняются.