Видимо, вы не поняли. Если раздел / (корневой) на одном диске, а /home — на другом, то всё должно пройти безболезненно. Просто устанавливаете заново Ubuntu, указав, что /home не надо форматировать. Ну и если что-то доустанавливали (типа кодеков или Гимпа), надо будет заново установить.
А если вся Ubuntu установлена на _одном_ логическом диске, включая пользовательские файлы, тогда несколько сложнее.