Короче... вот тебе твоя ДНК:
sudo -u www-data ls /home/где/там/у/тебя/сайт
Убирать по одному каталогу с хвоста, пока не выведет ХОТЬ ЧТО-НИБУДЬ. (Кроме сообщения об ошибке, естественно...)
И уже оттуда проверять, что у тебя за п-ц в правах.
P.S.
sudo usermod -aG www-data $USER