Проблема в том, что в Ubuntu на ядро накладывается, насколько я знаю, десятки, если не сотни патчей (кому интересно, гляньте с помощью apt-source). В Арче ради интереса только что посмотрел - к ядру 3.6.11 - 4 (четыре!) патча. И все - это какие-то багфиксы. Никакой самодеятельности. Поэтому ванильное ядро собирается тут очень просто и нормально работает. В Убунте без оргинального набора патчей такого навряд-ли можно добиться.