Вчера такая же проблема была...
Ну думаю, пакеты удалю старые, может забилось ими...удалил, освободился гиг, через 3 минуты и его не стало.
Посмотрел через top - что-то отрабатывал python, еще поковырял, понял что nss-backup что-то жуткое творит и логов аж на 7 гигов сделал.
Убил его процесс, удалил логи, удалил nss-backup. Полёт нормальный.
ТС, посмотрите не стоит ли у Вас s или nss-backup.
Ну и конечно, если что-то так забивает систему, наверняка оно будет висеть на первых строчках top'а.