У меня ровно то же самое. Ubuntu 10.10, GNOME. Наблюдается довольно давно (собственно, с тех пор, как был установлен maverick) и не только в описанных Вами обстоятельствах. Это может проявиться для любого свежезапущенного окна. Но не стопроцентно. А вот в вашей ситуации воспроизводимость действительно 100%.
Только обратите внимание, что раскладка реально переключается! Просто индикатор раскладки срабатывает только на третий раз! Ну а поскольку у Суриката по жизни проблемы с индикатором раскладки, то что с него взять, с ущербного... Короче, лечится это или нет, я не знаю. Но сильно подозреваю, что единственный способ -- это другая версия Ubuntu.