По теме.
Если нужно просто просмотреть скачанное флеш видео, то можно просмотреть практически в любом видео плеере (рекомендую VLC).
Если скачана игра в виде флеш файла, и требуется интерактивное взаимодействие, тогда открывать нужно через браузер.
В Ubuntu 12.04 можно настроить ассоциации файлов через Ubuntu Tweak (стандартным способом не все программы удается выбрать).