conntrack работает со всеми соединениями, в том числе с мультипротокольными. Но это не важно в данном случае.
Просто надо выстроить схему:
Весь трафик, пришедший с интерфейса "А", уходит через "А" же.
Весь трафик, пришедший с интерфейса "Б", уходит через "Б", же...
Весь новый трафик идёт, куда ему вздумается (читай - через дефолтный гейт или какие там у тебя другие правила маршрутизации в main прописаны)
Да, теоретически, возможно маркировать только один, скажем так, нестандартный трафик, отдавая весь остальной трафик на откуп дефолтным маршрутам. Но. Такую схему не расширить без перепроверки, и не переключить быстро с одного шлюза на другой без полного перепрограммирования.
Так что лучше уж немного поморочиться и раскрасить весь трафик, но уже после того, как он покрашен, сидеть сложа ручки и плевыать в потолок, наблюдая, как всё само бегает.