Удаление второй настройки не поможет. У меня такая же проблема. У меня в комп всунуто две сетевые карты, одна из которых подключена, а вторая - нет. /etc/init.d/networking restart почему то перезапускает сень нормально, а если делать отдельно
poff -a
pon myprovider
появляются ppp0 и ppp1 (один ненужный).
Я добавил в pon строчку echo >>/tmp/log до запуска pppd и вижу, что при pon в лог пишутся по две строчки. Видимо что-то запускает pon второй раз. Не знаю почему