Дело в том, что для, как вы говорите, "удаления в корзину", требуется перемещение файла между дисками, что занимает немало времени. Программа "Корзина" воспринимает файлы из папки .Trash на каждом диске, как свои, так что при очищении корзины, удалятся и те самые файлы с диска.
А вы что, хотите, чтобы при удалении ваши вайлы с тех же флешек перемещались в папку Trash на диск с системой?