$ #пишем скрипт:
$ echo '#! /bin/bash
> echo lol' > ./script
$ chmod +rx ./script
$ #запускаем - работает
$ ./script
lol
$ # меняем окончания строк на виндовые
$ perl -pi -e "s/\n/\r\n/" ./script
$ #запускаем, получаем твою ошибку
$ ./script
bash: ./script: /bin/bash^M: плохой интерпретатор: Нет такого файла или каталога
$ #меняем обратно, всё работает
$ perl -pi -e "s/\r\n/\n/" ./script
$ ./script
lol